Une des spécificités de la pédagogie spécialisée est l'adaptation des programmes d'enseignement aux besoins spécifiques des élèves et la nécessaire prise en compte de leurs possibilités, ceux-ci étant détaillés dans le projet éducatif individualisé (PEI), mis à jour annuellement par l'équipe. Les valeurs normative, certificative et sélective attribuées à l'évaluation ne sont pas compatibles avec les principes d'aménagement et d'adaptation qui sous-tendent les prestations de pédagogie spécialisée. L'évaluation de l'élève n'implique donc pas de promotion.