Sur mandat de l’État de Genève, les plans du collège ont été conçus par les architectes Claude Grosgurin, Edmond Guex et Gerdhard Kirchhoff et le bureau d’ingénieurs Bourquin & Stencek (B+S ingénieurs conseils SA).
La construction du collège débute en 1966 et bien que les travaux ne soient pas terminés, la première rentrée s’effectue en septembre 1967. Quelques mois plus tôt, le nom du collège a été choisi par le premier directeur en référence au lieu-dit « Marais » (voir ci-dessous la carte Siegfried datant de 1899) sur lequel il est construit. Les travaux s’achèveront en 1968.
Le collège a connu quatre directeurs depuis son inauguration :